Je suis encore là

Suite aux super conseils que j'ai reçu pour acheter mon matos (dont les retours seront fait quand j'aurais eu l'occasion de me matter quelques films), j'aurais besoin d'aide pour paramétrer mon ampli vis-à-vis de mes enceintes.
N'ayant jamais touché à un ampli auparavant, et découvrant pour la première fois l'expérience 5.1 en home-cinéma, je suis totalement perdu, et je n'ai pas de référence.
Je rappelle mon installation :
- écran Sinelux Light 250cm
- vidéoprojecteur Optoma HD33 + 2 lunettes
- ampli Onkyo NR-609
- enceintes Focal Sib & Sub Cub² 5.1
- disque dur multimédia Xtreamer Prodigy + Seagate Barracuda Green 2 To
Ma pièce fait 20-25m².
Donc, mes petites questions :
- tout d'abord, pour l'ampli et l'utilisation de films, je voulais savoir quel mode d'écoute il fallait privilégier selon vous. Enfin, en mode cinéma bien sur, mais après ?
Je lis surtout des mkv depuis mon Prodigy (gain de place^^), avec des bandes son pour la plupart en Dolby Digital, parfois DTS ou Dolby True HD pour me faire plaisir.
Il y a pleins de modes selon la notice : Pure Audio, Direct, Stereo, Mono, Multichannel, Dobly Pro Logic, Neo:6, THX Cinema, ... Je suis un peu perdu là-dedans

J'ai fait la calibration "automatique" Audyssey avec le micro.
Mais après, quel mode choisir ? Faut-il que je force dans les réglages DTS quand le film a un son DTS, Dolby Digital pour un film DD, etc... ? Mais je ne sais pas quel mode est le plus cohérent.
- ensuite, avez-vous des conseils particuliers pour les réglages audio ? Par exemple, de trucs à éviter, ou d’autres à conseiller. Je sais que cela dépend de chacun, et de l'installation, mais j'ai cru lire que par exemple, il semblait bien de monter l'intellivolume, de monter un peu le volume de enceintes, etc...
- enfin, dernière question : je lance mes films depuis le boitier multimédia Xtreamer. Depuis le Jukebox, quand le lance un film, j'ai le son, mais j'ai un écran noir de plusieurs secondes avec sur l'ampli "signal perdu", l'Optoma affiche en bas à droite "HDMI 2 Recherche", et l'image arrive.
J'ai sélectionné dans les menus de l'Optoma uniquement la sortie que j'utilise (HDMI 2), mais toujours ce problème agaçant.
Il y a-t-il un réglage dans l'ampli à faire ?
Merci beaucoup.